Tarihi Darülfünun-i Osmanî’ye kadar uzanan İstanbul Üniversitesi Fen Fakültesi, 1933’te Zeynep Hanım Konağı’nda öğretime başlamış, 1942’de çıkan yangında konak tamamen yanmış ve 1952’de Mimar Emin Onat ve Mimar Sedat Hakkı Eldem tarafından inşa edilen Fen ve Edebiyat fakülteleri binasında öğretime devam etmiştir.

Fen Fakültesi, 1968’den başlayarak ülkücülerin saldırılarına karşı koyan, 1975 ile 1980 arasında da saldırılara devrimci öğrencilerin direniş gösterdiği okullardan biri olmuştur.